Euroopa Komisjoni hinnangul ei keskenduta direktiivis piisavalt kasvuhoonegaaside heite vähendamisele, energiatõhususele ning elektri ja alternatiivkütuste kasutuselevõtule. Komisjon leiab, et selle põhjuseks on asjaolu, et uusi, vähem süsihappegaasi tekitavaid kütuseid maksustatakse samamoodi kui nende ekvivalendiks olevaid fossiilkütuseid. Mahupõhine maksustamine on biokütuste jaoks ebasoodne, kuna ühe liitri biokütuse energiasisaldus on tavaliselt väiksem, kui ühe liitri konkureeriva fossiilkütuse energiasisaldus, kuid neile kohaldatakse sama maksumäära.